朱子宏醫師製作的1:1基因醫學衛教圖，主題為「普通人的基因密碼」，並雙語標示海陸客語「略下人 liogˋ ha+ ngin」（源流明體）與台語「平素人 pîng-sòo-lâng」（源樣黑體）。圖中以活潑插畫呈現近100萬人全基因體定序（WGS）的4大數據：500萬個小變異（98.4%常見無害）、68個大片段增減CNV（46缺失/22重複）、63個全新突變De novo（75-80%來自爸爸）、1~3個致病帶因與50個罕見VUS，傳遞「帶有基因變異不等於一定會生病」的觀念。(朱子宏醫師製作)

一、前言：從在 DNA 裡跳舞的 Alu、LINE 與 STR，走向百萬人全基因體大調查

在今天解析這篇《百萬人全基因體：英/美》調查前，我們先來回顧一下追求真相的朱子宏醫師其網站講述基因體的文章。

1. 回顧基因體裡的旅行者與小口吃：Alu、LINE 與 STR

在之前的文章〈跳躍基因 LINE、Alu 與 STR：與 60 多種疾病有關！〉中，我們曾經一起探索過藏在人類 DNA 裡的奇妙房客。人類的標準單倍體參考基因體（GRCh38.p14）大約有 31 億個鹼基對（3.1 billion bp），但真正負責製造蛋白質的編碼區（Coding exons），其實只佔了整個基因體的 1.2%（約 34 Mb） 左右！剩下的 95% 以上 都是不製造蛋白質的非編碼區。

(1) 佔據基因體近三分之一的跳躍基因（Alu 與 LINE）

這些非編碼區過去曾被誤稱為「垃圾 DNA」，但現在我們知道裡面熱鬧非凡——包含佔了人類基因體約 11% 的 Alu 元素，以及長度可達 6 kb、佔了將近 20% 的 LINE 元素。它們就像是會在基因體裡搬家的旅行者（反轉錄轉座子，Retrotransposons），偶爾跳錯位置插進重要基因（例如插入第八凝血因子基因導致 A 型血友病），或是引發不對等重組，才會造成疾病。

(2) 基因小「大舌」tuā-tsi̍h（STR）與書頁漏夾（CNV）

教育部臺灣台語辭典：大舌 (tuā-tsi̍h) 基因有時陣嘛會「大舌」(STR, short tandem repeat) 朱子宏醫師提供

除了會搬家的 Alu 與 LINE，我們的 DNA 裡還有像說話「小口吃」一樣重複出現的 短串聯重複序列（STR），以及像整本書不小心被撕掉好幾頁、或裝訂時多夾了好幾頁進去的 拷貝數變異（Copy Number Variants, CNV）。當家長在門診收到小朋友的基因檢測報告，看到這些五花八門的變異名詞時，最常問我的一句話就是：「朱醫師，正常人也會有這些變異嗎？」

2. 什麼是「略下人（liogˋ ha+ ngin）」？認識普通人的背景基因變異

為了回答這個核心問題，我們先來學一個非常傳神的海陸腔客語詞彙——「略下人」（拼音：liogˋ ha+ ngin），意思就是「普通人、一般人、尋常百姓」。

臺灣客語辭典：略下人 (liogˋ ha+ ngin)：一般人、普通人 (朱子宏醫師整理) — 臺灣客語辭典：**略下人 (liogˋ ha+ ngin)**：一般人、普通人，那麼略下人/百萬人全基因體係仰般？我們繼續來看

過去二十多年來，基因醫學研究大多集中在「生病的患者」身上；或者像 gnomAD 這樣的國際資料庫，雖然收集了幾十萬人的資料，卻只提供整個群體加總的「變異頻率」，沒有告訴我們「在單一一個普通人（略下人）身上，平均到底裝了多少個基因變異？」

(1) 英美兩大國家級資料庫聯手：UK Biobank 與 All of Us

2026 年 10 月發表於國際權威期刊《Genome Medicine》的最新研究〈The average individual genome: a survey of nearly 1 million whole-genome sequences〉，由英國艾克斯特大學（University of Exeter）的 Caroline F. Wright 教授團隊領軍，完成了史上規模最大的「個人層級」百萬人全基因體變異普查！研究團隊整合了兩大獨立的成人世代資料庫：

英國生物樣本庫（UK Biobank, UKB）：納入 490,541 名 英國成人（招募年齡 37～73 歲，平均 57 歲）。
美國 All of Us 研究計畫（AoU）：納入 414,830 名 美國成人（招募年齡 18～90 歲以上，平均 52 歲）。

(2) 涵蓋六大遺傳祖源群體的「健康成人」縮影

這兩個資料庫加起來將近 100 萬人（經嚴格品質控管後，最終合併分析超過 87.9 萬至 90 萬人），將近一半來自英國、一半來自美國。這些參與者都不是因為特定疾病才被招募的，因此他們的基因體正好代表了社會上廣大、最真實的正常基因變異分佈。研究更跨足了 6 大遺傳推論祖源群體：歐洲（EUR）、非洲（AFR）、美洲混合（AMR）、南亞（SAS）、東亞（EAS，包含我們臺灣漢人~客家族群所屬的基因背景）以及中東（MID）。

近百萬人全基因體定序（WGS）之圖形摘要，整合英國UK Biobank與美國All of Us共約90萬名成人、6大遺傳祖源群體，以漏斗圖呈現普通人（略下人）平均每人的基因變異數量：430萬至530萬個總變異、2.1萬至2.6萬個蛋白質編碼區變異、229個功能喪失變異，以及1個全新編碼區變異、5至6個大型拷貝數變異、1至3個致病變異與3個高多基因風險評分。 — **圖一、普通人（略下人 liogˋ ha+ ngin）百萬人全基因體變異全景圖**。本研究結合英國生物樣本庫（UK Biobank）與美國 All of Us 兩大資料庫共約 90 萬份全基因體定序（WGS）資料，涵蓋 6 大遺傳祖源群體。漏斗圖由上而下顯示平均每個人帶有的變異規模：約 430 萬～530 萬個總變異（約 82% 為單一核苷酸改變、32%～42% 為同型合子、1.5% 為罕見變異）→ 約 21,000～26,000 個位於蛋白質編碼區（約 48% 會改變蛋白質序列）→ 約 229 個預測功能喪失變異（LoF，其中 72% 為高可信度）。底部紅框總結每個人平均帶有：約 1 個全新（de novo）編碼區變異、5～6 個大型拷貝數變異（CNV）、1～3 個致病性變異，以及約 3 項處於前 10% 高風險的多基因風險評分（PGS）。（圖片來源：Wright et al., *Genome Medicine* 2026）

二、百萬人全基因體定序（WGS）揭曉：「略下人」的 5 大基因真相

1. 真相一：每個人平均有 430 萬～530 萬個小變異，但 98.4% 都是常見變異

當我們把一個普通人的 DNA 拿去跟現行的人類標準參考基因體（GRCh38.p14）做比對時，平均每個人會找出 430 萬到 530 萬個 單一核苷酸變異（SNVs）與小於 50 bp 的小片段插入／缺失（Indels）。

(1) 為什麼非洲祖源（AFR）的變異數量比別人多出 100 萬個？

從論文的 Figure 1（圖二） 可以看到，非洲祖源群體（AFR）平均每個人有約 520 萬個變異，比其他族群整整多出了約 100 萬個！這一方面反映了人類起源於非洲、非洲族群擁有最豐富的遺傳多樣性；另一方面則是因為現行的 GRCh38 參考基因體主要是用歐洲祖源（EUR）的 DNA 拼裝出來的，導致非歐洲族群在比對時容易出現較多差異。而在我們所屬的 東亞祖源（EAS） 中，每個人平均約有 430 多萬個變異，且同型合子（父母雙方給了相同變異）的比例相對較高。

小提琴分佈圖（Violin plots），比較非洲、美洲混合、東亞、歐洲、中東及南亞共6大遺傳祖源群體中，每個人相較於GRCh38.p14參考基因體的單一核苷酸變異（SNVs）與小片段插刪（Indels）數量，細分為全基因體總數、體染色體異型合子、體染色體同型合子，以及X染色體與偽體染色體區（PAR）的變異分佈。 — **圖二、六大遺傳祖源群體中，每個人帶有的單一核苷酸變異（SNVs）與小片段插刪（Indels）數量分佈（與 GRCh38.p14 參考基因體相比）**。(a) 每人總變異數量：非洲祖源（AFR，深藍色）平均約 520 萬個，比其他群體多出約 100 萬個，這與現行參考基因體主要由歐洲祖源（EUR）構成有關；東亞祖源（EAS，綠色）與歐洲祖源（EUR，淺藍色）平均約 430 萬個。(b-c) 體染色體上的異型合子（Heterozygous）與同型合子（Homozygous alternate）變異數，可見東亞族群（綠色）的同型合子比例相對較高。(d-g) X 染色體在女性（雙倍體）與男性（單倍體及偽體染色體區 PAR）中的變異分佈。（圖片來源：Wright et al., *Genome Medicine* 2026）

(2) 粒線體與性染色體上的日常變異

除了 22 對體染色體，女性在 X 染色體上平均帶有 7.5 萬～14 萬個異型合子變異 與 5.5 萬～6.7 萬個同型合子變異；男性則在 X 染色體上帶有 9.2 萬～13 萬個半合子變異，並在 Y 染色體上帶有約 5,500 個變異。連負責細胞發電的粒線體（MT），每個成人在血液中也平均測得到約 8.45 個同質性變異（Homoplasmic） 與 3.98 個異質性變異（Heteroplasmic，隨年齡累積）。

2. 真相二：大片段基因書頁的增減——每人平均帶有 68 個大型拷貝數變異（CNV）

這部分正好能與我們先前介紹的 Alu、LINE 跳躍基因與 STR 完美呼應！研究作者特別在論文中指出：目前全球標準的「短讀長定序技術（Short-read WGS，每次只讀約 150 個鹼基）」雖然抓單一字母改變（SNV）非常準，但面對小於 500 bp 的小型 CNV、短串聯重複序列（STR）、反轉（Inversions）以及像 Alu、LINE 這樣的反轉錄轉座子（Retrotransposons），短讀長定序是很難在百萬人全基因體規模下精準算清楚的（若使用最新的長讀長定序 Long-read sequencing，每個人其實帶有 22,000～26,000 個結構變異 SV！）。

(1) 大於 10 kb 的大型 CNV：每人平均 46 個缺失、22 個重複

為了確保數據極度精準，研究團隊專門統計長度大於 10,000 個鹼基對（>10 kb） 的高品質大型拷貝數變異（CNV）。結果顯示（見 圖三 Figure 2）：每一個普通人平均帶有 68 個大型 CNV，其中包含 46 個大片段缺失（Deletions） 與 22 個大片段重複（Duplications）。甚至平均每 41 個普通人（約 2.5%） 當中，就有 1 個人身上帶有長度超過 1 Mb（100 萬個鹼基對） 的超大型染色體片段缺失或重複！

小提琴分佈圖，左側（圖a）顯示每個人帶有的拷貝數變異（CNV）依長度區間（10kb-50kb、50kb-100kb、100kb-250kb、250kb-1Mb、大於1Mb）的數量分佈；右側（圖b）顯示每個人因CNV而發生完整拷貝數增加（Copy Gain，藍色）或基因功能喪失（Loss of Function，紅色）的受影響基因數量。 — **圖三、每個人平均帶有的大片段拷貝數變異（CNVs，大於 10 kb）長度分佈與受影響基因數量**。(a) 依 CNV 長度分類：絕大多數的大片段變異集中在 10 kb～50 kb 之間（平均每人約 50 多個），總計每人平均帶有 68 個大於 10 kb 的 CNV（包含 46 個缺失與 22 個重複），而超過 1 Mb 的超大型 CNV 則相當罕見（約 2.5% 的人帶有）。(b) 受 CNV 影響的蛋白質編碼基因數量：平均每個人有約 5 個基因因為重複而產生完整拷貝數增加（Copy Gain，藍色），並有約 25 個基因因為缺失或破壞性重複而導致預測功能喪失（Loss of Function，紅色）。（圖片來源：Wright et al., *Genome Medicine* 2026）

(2) 平均 25 個基因因 CNV 失去功能，為何人卻沒事？

這些大型 CNV 有 88% 都是常見變異。平均而言，每個普通人身上有約 25 個蛋白質編碼基因 因為這些大片段缺失或重複而預測會「失去功能（Loss-of-Function）」，另有約 5 個基因 發生完整拷貝數增加（Copy Gain）。為什麼少了這些基因片段卻沒有生病？因為人類大多數基因都有兩份拷貝（分別來自爸媽），許多基因就算只剩下一份正常工作，或是該基因本身對生存沒有關鍵影響，身體依然能維持正常運作。

(3) 同型合子區段（ROH）與單親二體症（UPD）的意外發現

研究也發現，每個普通人平均有 3.65～4.00 段 長度超過 1.5 Mb 的「同型合子連續區段（Runs of Homozygosity, ROH）」。更有趣的是，大約每 8,100 名 健康成人中，就有 1 人出現整條染色體超過 90% 都是同型合子的現象——這代表他們帶有先天性的單親二體症（UPD，兩條染色體都來自同一位父母）或是後天體細胞的異型合子喪失（LOH），卻依然健康長大並參與了研究！

3. 真相三：真正改變蛋白質的變異有多少？拆解 MANE Select 標準轉錄本

既然每個人有 500 萬個小變異，那到底有多少個會影響到蛋白質製造？我們可以透過 圖四（原作 Figure 3a） 的三層結構一眼看穿：

三條橫向堆疊長條圖（Figure 3a），由上而下分別呈現普通人全基因體變異的三大維度：（1）群體內等位基因頻率（AF > 1% 的常見變異佔 4,268,282 個，絕大多數為常見變異）；（2）全基因體最嚴重後果位置分佈（主要位於蛋白質編碼基因內含子、基因間區與非編碼RNA內含子）；（3）MANE Select 標準轉錄本編碼區內的變異分類（主要為約1.1萬個同義突變與約9,550個良性錯義突變，僅極少數為高風險錯義突變或功能喪失突變）。 — **圖四、百萬人全基因體單一核苷酸變異（SNVs）與小片段插刪（Indels）的中位數結構拆解（原作 Figure 3a）**。
**第一排（Within-group Alt Frequency，群體內等位基因頻率）**：高達 98.4%（4,268,282 個）都是等位基因頻率 > 1% 的常見變異（淺藍色），罕見與極罕見變異僅佔約 1.6%。
**第二排（Genome-wide Worst Consequence，全基因體功能區域分佈）**：絕大多數變異落在不製造蛋白質的區域，包含蛋白質編碼基因的內含子（Intronic，1,580,581 個，深綠色）、基因間區（Intergenic，1,109,701 個，湖水綠）與非編碼 RNA 內含子（1,089,913 個，淺藍色）；真正落在蛋白質編碼外顯子（Exonic）的僅有 23,213 個（0.54%，最左側粉紅色細線）。
**第三排（MANE Select Coding Variants，標準蛋白質編碼區變異細分）**：在編碼區變異中，絕大多數是不改變胺基酸的同義變異（Synonymous，11,104 個，橘棕色）與預測影響較小的錯義變異（Missense REVEL ≤ 0.7，9,550 個，桃紅色）；真正高度懷疑致病的錯義變異（REVEL > 0.7）平均僅 28 個，高可信度功能喪失變異（HC LoF）平均為 165 個。（圖片來源：Wright et al., *Genome Medicine* 2026

(1) 超過 99% 的變異都不碰蛋白質編碼區

在每個人約 430 萬～530 萬個變異中：

依出現頻率分：高達 98.4%（中位數 4,268,282 個） 是群體內頻率 > 1% 的常見變異；只有 1.34% 是罕見變異（頻率 0.01%～1%），0.26% 是極罕見變異（頻率 < 0.01%）。
依基因體位置分：高達 36.5% 落在蛋白質基因的內含子（Introns，會在剪接時被切掉）、35% 落在基因與基因之間的荒野（Intergenic）、26.7% 落在非編碼 RNA 基因裡。真正落在蛋白質編碼外顯子（Coding exons）裡面的，只佔了全部變異的 0.54%（中位數約 23,213 個）！

(2) 編碼區裡的 229 個功能喪失變異（LoF）與 28 個高風險錯義變異

如果我們聚焦在臨床與研究最常使用的標準基因轉錄本（MANE Select transcripts，共 19,319 個蛋白質編碼基因），每個普通人平均帶有：

約 11,100 個同義變異（Synonymous variants）：雖然 DNA 字母變了，但翻譯出來的胺基酸完全沒變（其中僅約 23 個 的 SpliceAI 分數 > 0.5，可能會影響基因剪接）。
約 9,600 個錯義變異（Missense variants）：會改變一個胺基酸，但絕大多數都是良性的！真正被 AI 預測工具（REVEL 分數 > 0.7）認為高度可能致病的錯義變異，平均每個人只有 28 個。
約 229 個預測功能喪失變異（pLoF）：包含提早出現終止密碼子（Stop-gain）、移碼突變（Frameshift）或破壞剪接位點，其中有 165 個（72%） 屬於高可信度的功能喪失變異（HC LoF）。

4. 真相四：不靠爸媽遺傳的「全新突變（De novo）」——爸爸年齡是關鍵！

在兒科遺傳門診中，很多罕見疾病的小朋友是因為發生了「全新突變（De novo variants，簡稱 DNM）」，也就是爸爸媽媽抽血檢查都正常，變異是在受精卵形成前後才新產生的。那麼，健康的「略下人」身上也會有全新突變嗎？

(1) 每人平均 61 個先天全新突變＋ 2 個後天鑲嵌突變

研究團隊分析了資料庫中 2,334 組「爸爸－媽媽－成年子女」的三人家庭（Trios），發現每個普通人身上平均帶有 61 個先天性（Constitutive）全新突變（包含 57 個 SNVs、1 個小插入、3 個小缺失，範圍在 30～113 個之間），外加 2 個後天細胞分裂產生的鑲嵌型（Mosaic）全新突變，合起來平均約 63 個！而在這 60 多個全新突變中，絕大多數也都落在非編碼區，平均每個人只有 1 個（範圍 0～6 個） 會剛好掉進蛋白質編碼區裡。

(2) 75%～80% 的全新突變來自爸爸，隨父親年齡穩定增加

為什麼全新突變大多來自爸爸？因為女性的卵子在出生前就已經完成大部分減數分裂並暫停待命；而男性的精原幹細胞則從青春期開始，一輩子都在不斷進行細胞分裂以製造新精子，每分裂一次，DNA 複製就多一次寫錯字的機會。

父親年齡效應：高達 75%～80% 的全新突變源自父親！爸爸在小朋友出生時每年長 1 歲，小朋友身上就會多出 1.17 個 全新突變。
母親年齡效應：約 20%～25% 源自母親，媽媽每年長 1 歲，小朋友身上僅增加 0.38 個 全新突變。

5. 真相五：每個人身上都有「致病基因變異」與「高風險多基因評分」

如果把這近 100 萬個普通人的基因體，拿去跟國際臨床致病基因資料庫（ClinVar 與 GenCC 確認的 4,262 個單一基因疾病相關基因）做比對，結果更是顛覆過去的刻板印象：

(1) 平均每人帶有 1～3 個罕見致病變異（多為隱性帶因）與 50 個罕見 VUS

致病／可能致病變異（ClinVar P/LP）：只看發生率 < 1% 的罕見變異，每個普通人平均帶有 1～3 個 明確致病的單一基因突變！不用害怕，這當中絕大多數都位於體染色體隱性遺傳（Autosomal Recessive）的疾病基因上，代表我們每個人幾乎都是 2～6 種隱性遺傳疾病的「健康帶因者（Carrier）」。即便只看體染色體顯性遺傳（Autosomal Dominant）基因，平均每 8.6 個普通人 就有 1 人帶有一個罕見的 ClinVar 致病變異，卻因為「外顯率不全（Incomplete penetrance）」而沒有發病！
臨床意義不明變異（VUS）的不平等：在單一基因疾病相關基因中，每個普通人平均帶有高達 180 個 VUS（若只看頻率 < 1% 的罕見 VUS，每人平均也有 50 個）！研究更特別點出：因為過去基因研究過度集中在歐美日裔白人（EUR），導致像我們東亞人、非洲人等非歐洲祖源的族群，做基因檢測時會測出更多無法判讀的 VUS，而較難直接找到明確的致病診斷。

(2) 多基因風險評分（PGS）：為什麼算越多種病，越容易「被高風險」？

現在市面上很流行用「多基因風險評分（Polygenic Score, PGS）」來預測常見慢性病（如糖尿病、冠心病、乳癌、阿茲海默症等）。研究團隊在英國生物樣本庫中計算了 28 種常見疾病 的 PGS，結果發現：

平均每一個普通人，都會有 3 種疾病落在風險最高的前 10%，並有 1.4 種疾病落在最高風險的前 5%！
每 5 個歐洲祖源的普通人（20%），就有 1 個人至少有一種疾病落在 前 1% 的極高風險區。
統計學推演更顯示：如果未來健檢中心一口氣幫你算 100 種疾病 的多基因風險，那麼高達 99% 的普通人 都會被告知「你至少有一種疾病處於前 5% 高風險」，63% 的人 會有至少一種病處於前 1% 極高風險！

三、朱醫師給家長與讀者的精準醫學建議：認識背景變異，不必基因焦慮

1. 帶有基因變異 ≠ 生病！臨床表現永遠是判讀的核心

讀完這篇將近 100 萬個「略下人（liogˋ ha+ ngin）」的基因體大普查，相信大家心裡一定踏實許多。過去我們總以為「基因突變」是個少見、可怕的壞消息；但科學數據清清楚楚地告訴我們：變異是生命演化的日常，每個人身上都帶著五百萬個小差異、幾十個大片段增減（CNV）、幾十個全新突變，甚至帶著幾個致病基因與上百個 VUS。

因此，當我們在門診幫小朋友評估成長發育、或是做全外顯子（WES）／全基因體定序（WGS）時，如果沒有搭配小朋友實際的臨床症狀與家族史，單純把基因報告上的變異抓出來看，很容易就會掉入「過度診斷（Overdiagnosis）」與白忙一場的陷阱。

2. 邁向更公平、更完整的全基因體時代（Long-read 與 Pangenome）

這篇研究也誠實指出了目前基因醫學的兩大改進方向：第一，全球基因資料庫需要納入更多亞洲、非洲與原住民族群的樣本，才能減少我們在做檢測時遇到一堆 VUS 的困擾；第二，未來的定序技術正逐步結合 長讀長定序（Long-read sequencing） 與 端粒到端粒泛基因體參考序列（T2T Pangenome），屆時連我們在前言提到的 Alu、LINE 跳躍基因與 STR 重複序列，都能被看得一清二楚！

如果您手邊有自己或家中小朋友的基因檢測報告，看到上面的專業術語或紅字感到疑惑，歡迎帶著報告來到小兒遺傳代謝科門診，讓朱醫師陪您一起把關，用最溫暖、最正確的科學視角守護全家人的健康！

📚 參考文獻：

Wright, H.I.W., Beaumont, R.N., Fasham, J. et al. The average individual genome: a survey of nearly 1 million whole-genome sequences. Genome Medicine 18, 160 (2026). https://doi.org/10.1186/s13073-026-01792-x
朱子宏醫師（2026）。〈跳躍基因 LINE、Alu 與 STR：與 60 多種疾病有關！〉。朱子宏醫師基因醫學網站：https://drgeneticstw.com/2026/07/28/%E8%B7%B3%E8%BA%8D%E5%9F%BA%E5%9B%A0-line-alu-%E8%88%87-str/

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分析近 100 萬人全基因體定序（WGS）的 5 大驚人發現：原來「略下人（普通人）」身上也有這麼多突變！